“分配”是指在設定排放總量、確定排放交易體系的適用范圍、行業(yè)覆蓋范圍和監(jiān)管重點后向市場參與者分發(fā)配額。由于配額具有市場價格，因此其整體價值甚為可觀。

配額的分配可為高度政治化的進程，涉及諸多考量因素。通常存在兩類配額分配的基本機制：免費分配與拍賣。排放配額可根據(jù)“祖父制”（grandfathering）或基準線（benchmark）進行免費分配?！白娓钢啤毕抵敢阅骋唤o定基準期的歷史排放水平為主要考量的分配方式，基準法則是根據(jù)某一給定產(chǎn)品組或行業(yè)的績效評價確定排放配額的分配方式。拍賣法允許政府通過拍賣方式分配配額。該種分配方式提供了價格發(fā)現(xiàn)機制，并通過為政府創(chuàng)收提供政府額外資金，以用于實施進一步氣候保護措施或補償消費者因碳價而產(chǎn)生的額外成本。

免費分配有助于解決對競爭力的擔憂（如碳泄漏）以及弱化碳價對消費者的經(jīng)濟影響。根據(jù)各項基準線分配免費配額有助于獎勵先期行動：給予業(yè)已實現(xiàn)有效減排的企業(yè)主體更多的免費配額。拍賣具有實現(xiàn)排放總量的價格發(fā)現(xiàn)功能，最終可確保配額分配的透明度。由于拍賣給出有關(guān)實際減排成本與實際碳價格的清晰訊號，并降低投資決策難度。因此，理論上拍賣是最具環(huán)境效益的分配方式。此外，難以設計能夠確保不同行業(yè)間不出現(xiàn)競爭扭曲現(xiàn)象的免費配額分配方式。