實(shí)施排放權(quán)交易制度的國(guó)家需對(duì)交易活動(dòng)建立嚴(yán)密的監(jiān)管制度，以收集、掌握交易信息，追蹤排污指標(biāo)的去向和監(jiān)督交易行為。法律確立的監(jiān)管秩序和政府行政管理部門(mén)實(shí)施有效監(jiān)督，是保護(hù)自由、公平的交易和總量控制目標(biāo)實(shí)現(xiàn)的必然手段，也是實(shí)現(xiàn)環(huán)境效益與經(jīng)濟(jì)效益相統(tǒng)一的重要保障。政府監(jiān)管主要通過(guò)以下制度進(jìn)行：

       排污者的最低限制是主體的排污技術(shù)和設(shè)備要求達(dá)到法定要求，對(duì)不能達(dá)到該要求的新排放源，則沒(méi)有購(gòu)買(mǎi)資格，其排放權(quán)交易行為和結(jié)果則應(yīng)確定為無(wú)效。環(huán)境保護(hù)監(jiān)督管理部門(mén)要對(duì)交易雙方主體資格進(jìn)行認(rèn)定，加大對(duì)出售指標(biāo)者的環(huán)境監(jiān)測(cè)和監(jiān)督，只有符合條件者才能進(jìn)行交易獲得排放權(quán)，防止環(huán)境污染的加劇。在出售排污指標(biāo)這個(gè)要求上，除了企業(yè)因?yàn)榭s減生產(chǎn)規(guī)模而閑置排污指標(biāo)外，對(duì)于企業(yè)因?yàn)榧夹g(shù)改造而節(jié)余排污指標(biāo)也應(yīng)符合一定的要求。

       登記是政府掌握排污及排污指標(biāo)情況的基本手段。相關(guān)登記包括排污申報(bào)登記、排污指標(biāo)登記和排污指標(biāo)交易登記等。排污申報(bào)登記是分配排污指標(biāo)的基礎(chǔ)，我國(guó)現(xiàn)在已全面實(shí)現(xiàn)了排污申報(bào)登記制度?！董h(huán)境保護(hù)法》第27條規(guī)定：“排放污染物的企業(yè)事業(yè)單位，必須依照國(guó)務(wù)院環(huán)境保護(hù)行政主管部門(mén)的規(guī)定申報(bào)登記?！爆F(xiàn)有的制度可以充分利用。排污指標(biāo)登記要求所有持有排污指標(biāo)的單位和個(gè)人，就其持有的指標(biāo)數(shù)量、種類(lèi)等情況進(jìn)行登記，登記機(jī)構(gòu)按行政區(qū)域或者總量控制區(qū)域設(shè)置，有必要時(shí)，還要設(shè)置全國(guó)性的登記機(jī)構(gòu)。排污指標(biāo)交易登記是要求交易雙方當(dāng)事人就排污指標(biāo)交易情況進(jìn)行登記，交易雙方都應(yīng)在環(huán)保局指定的系統(tǒng)內(nèi)建立一個(gè)賬戶(hù)，所有的交易活動(dòng)都要通過(guò)賬戶(hù)進(jìn)行。

       按照總量控制計(jì)劃的設(shè)計(jì)，每個(gè)計(jì)劃年度，所有的排污指標(biāo)持有者都應(yīng)提交一份年度報(bào)告，詳細(xì)、準(zhǔn)確地報(bào)告其排污指標(biāo)的變化情況。例如哪些指標(biāo)已用于填補(bǔ)排污數(shù)額，哪些指標(biāo)已用于交易，哪些指標(biāo)儲(chǔ)存起來(lái)留待將來(lái)之用，哪些指標(biāo)是新增的。

       加強(qiáng)環(huán)境監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)建設(shè)。環(huán)境容量交易的前提是產(chǎn)權(quán)明晰，而環(huán)境容量的界定離不開(kāi)環(huán)境監(jiān)測(cè)。要從產(chǎn)權(quán)交易的角度出發(fā)要求環(huán)境監(jiān)測(cè)在方法、技術(shù)、手段、規(guī)范、標(biāo)準(zhǔn)上與之相配套，制定一系列的制度，為產(chǎn)權(quán)交易提供公正、科學(xué)的數(shù)據(jù)。加大環(huán)境監(jiān)測(cè)工作，采用先進(jìn)監(jiān)測(cè)技術(shù)，發(fā)展自動(dòng)監(jiān)測(cè)系統(tǒng)，精確計(jì)算企業(yè)所用環(huán)境容量的量以及企業(yè)通過(guò)治理污染盈余的量，從而為環(huán)境容量的交易提供條件。

       為了全面、及時(shí)地了解排放權(quán)的持有、交易等情況，政府有必要建立統(tǒng)一的賬戶(hù)管理系統(tǒng)和信息系統(tǒng)，信息系統(tǒng)不但為政府服務(wù)，也為私人機(jī)構(gòu)服務(wù)。