PPP模式的組織形式非常復(fù)雜，既可能包括私人營利性企業(yè)、私人非營利性組織，同時還可能包括公共非營利性組織（如政府）。合作各方之間不可避免地會產(chǎn)生不同層次、類型的利益和責任上的分歧。只有政府與私人企業(yè)形成相互合作的機制，才能使得合作各方的分歧模糊化，在求同存異的前提下完成項目的目標。

PPP模式的機構(gòu)層次就像金字塔一樣，金字塔頂部是政府，是引入私人部門參與基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項目的有關(guān)政策的制定者。政府對基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項目有一個完整的政策框架、目標和實施策略，對項目的建設(shè)和運營過程的各參與方進行指導(dǎo)和約束。金字塔中部是政府有關(guān)機構(gòu)，負責對政府政策指導(dǎo)方針進行解釋和運用，形成具體的項目目標。金字塔的底部是項目私人參與者，通過與政府的有關(guān)部門簽署一個長期的協(xié)議或合同，協(xié)調(diào)本機構(gòu)的目標、政策目標和政府有關(guān)機構(gòu)的具體目標之間的關(guān)系，盡可能使參與各方在項目進行中達到預(yù)定的目標。這種模式的一個最顯著的特點就是政府或者所屬機構(gòu)與項目的投資者和經(jīng)營者之間的相互協(xié)調(diào)及其在項目建設(shè)中發(fā)揮的作用。PPP模式是一個完整的項目融資概念,但并不是對項目融資的徹底更改,而是對項目生命周期過程中的組織機構(gòu)設(shè)置提出了一個新的模型。它是政府、營利性企業(yè)和非營利性企業(yè)基于某個項目而形成以“雙贏”或“多贏”為理念的相互合作形式,參與各方可以達到與預(yù)期單獨行動相比更為有利的結(jié)果，其運作思路如圖所示。參與各方雖然沒有達到自身理想的最大利益，但總收益即社會效益卻是最大的,這顯然更符合公共基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的宗旨。