項目的注冊（Registration）是『指定經(jīng)營機構(gòu)』在完成審定CDM項目的合格性之后，使用『CDM項目活動注冊和審定報表』、項目設(shè)計文件、東道國書面批復(fù)和有關(guān)評價問題的解釋等資料，準備好審定報告。然后使用UNFCCC秘書處提供的基于互聯(lián)網(wǎng)的電子文件提交工具，向秘書處傳遞項目注冊的申請。提交了所有文件信息后，『指定經(jīng)營實體』會自動收到一個唯一的編號，可用來確認注冊費的轉(zhuǎn)賬情況和查詢注冊審批的進展。秘書處將決定DOE提交的有關(guān)項目注冊的所有文件和信息是否齊全。在注冊費先行繳納和秘書處發(fā)出關(guān)于申請注冊文件齊全的確認之后，『項目注冊的申請』就算是正式開始并在UNFCCC的CDM網(wǎng)站上公示至少8個星期。

　　在注冊環(huán)節(jié)中，項目參與方需繳納注冊費。注冊費是作為CDM行政管理費用收益分配(SOP-Admin,Share of Proceeds for Administration )的一部分應(yīng)繳款來收取的，具體金額則按照項目活動計入期內(nèi)預(yù)計每年的減排量來計算的。每年15000噸二氧化碳當量內(nèi)的CERs需交納0.10美元/CER；超出15,000噸以上的部分按0.20美元/CER收取。無論多大的項目，注冊費的總額均不超過350,000美元。每年預(yù)計減排量低于15,000噸二氧化碳當量的項目活動不需要交納注冊費。