同時(shí)，碳稅也存在以下四點(diǎn)明顯劣勢(shì)：

1.排放總量控制方面不足

常用碳交易機(jī)制的設(shè)置核心是總量控制交易（Cap-and-Trade），是“基于數(shù)量”的手段，即在控制溫室氣體排放總量的前提下進(jìn)行市場(chǎng)交易，以市場(chǎng)手段激勵(lì)參與者為節(jié)能減排做出貢獻(xiàn)并讓多排放的單位付出相應(yīng)成本。相比而言碳稅是“基于價(jià)格”的工具，通過稅率即價(jià)格來(lái)實(shí)現(xiàn)減排，但不能有力地控制總排放量，一些高排放、高收益的企業(yè)在碳稅較低情形下依然保持原有生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)模式，減排意愿較低。

2.高稅負(fù)影響經(jīng)濟(jì)與消費(fèi)

碳稅的減排效果與稅費(fèi)關(guān)系密切。碳稅的征收需在一定高的稅費(fèi)基礎(chǔ)上才能達(dá)到良好的節(jié)能減排效果。有關(guān)研究顯示，2015年征收碳稅情景與基準(zhǔn)情景相比，稅費(fèi)為10元／噸CO2時(shí)，CO2排放將下降9.2％，約減排1.9億噸，到2020年稅費(fèi)為30元／噸CO2時(shí)，CO2排放將下降19％，約減排4.3億噸[6]。有關(guān)學(xué)者對(duì)美國(guó)征收碳稅的研究也得出結(jié)論，若美國(guó)要以碳稅工具完成2050年的減排目標(biāo)，則碳稅需達(dá)到100美元/tCO2[7]，如此高的稅負(fù)將嚴(yán)重?cái)D壓美國(guó)企業(yè)的生存空間，甚至影響出口商品的國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)力，進(jìn)而降低美國(guó)在國(guó)際社會(huì)的影響力。因?yàn)槎愂兆陨淼膫鲗?dǎo)效應(yīng)，在電力、燃料等能源源頭征稅，稅負(fù)最終會(huì)轉(zhuǎn)嫁到下游消費(fèi)者身上，影響日常消費(fèi)。

3.易產(chǎn)生級(jí)聯(lián)效應(yīng)（Cascading effect）

碳稅的級(jí)聯(lián)效應(yīng)也是政府在征稅前要重點(diǎn)研究的對(duì)象之一。所謂級(jí)聯(lián)效應(yīng)是指單一稅應(yīng)征于商品從生產(chǎn)到銷售的各個(gè)環(huán)節(jié)，最終累積于末端消費(fèi)者處。碳稅中沒有關(guān)于進(jìn)項(xiàng)稅減免的規(guī)定，容易導(dǎo)致末端消費(fèi)者被重復(fù)征稅的情況。例如1992年丹麥對(duì)企業(yè)和家庭同時(shí)課征碳稅，作用于企業(yè)的碳稅最終會(huì)通過供應(yīng)鏈的商品流動(dòng)轉(zhuǎn)移到家庭上，而家庭本身也需繳納碳稅，兩者之間是否存在重復(fù)征收的問題值得關(guān)注和研究。

4.不利于全球減排體系的鏈接

征收碳稅是一種財(cái)政手段，各國(guó)會(huì)依據(jù)各自的具體情況制定政策。不同寬松程度的碳稅將使全球呈現(xiàn)割裂的減排體系，不利于全球減排的一致性，尤其是在經(jīng)濟(jì)全球化程度愈來(lái)愈高的今天，跨國(guó)公司可輕易調(diào)整市場(chǎng)策略將高碳產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)移至稅負(fù)較輕的國(guó)家，造成本國(guó)碳泄漏。歐盟正是由于這個(gè)原因選擇了碳市場(chǎng)作為減排工具而不是碳稅。